COMER
COMER
COMER: baltymų tolimos homologijos paieška
COMER - baltymų sekų sugretinimo įrankis, skirtas tolimai homologijai identifikuoti. Programinė įranga skaito įeitinius duomenis daugybinio sekų sugretinimo pavidale, juos konvertuoja į skaitinį modelį - profilį - ir inicijuoja statistiškai reikšmingų panašumų paiešką profilių duomenų bazėje. COMER licenzijuota GNU GP Licenzija, 3-ia versija. Antroji versija išnaudoja grafinių procesorių (angl., GPU) galią itin greitoms homologijų paieškoms atlikti. Prašome vadovautis README failo instrukcijomis pakete, kaip naudotis COMER programine įranga.
Žemiau esanti nuoroda nukreips į direktoriją, kurioje rasite COMER profilių duomenų bazes. Kiekvienas profilis iš duomenų bazės gali būti lengvai išsaugotas atskirai ir, pvz., naudojamas COMER paieškoms (žr. `README' failą COMER programinės įrangos įdiegimo pakete).
COMER taip pat prieinamas kaip internetinis serveris.
Publikacijos:
Dapkunas, J. & Margelevicius, M. (2023) The COMER web server for protein analysis by homology. Bioinformatics 39(1), btac807
Margelevicius, M. (2020) COMER2: GPU-accelerated sensitive and specific homology searches. Bioinformatics 36(11), 3570–3572.
Margelevicius, M. (2019) Estimating statistical significance of local protein profile-profile alignments. BMC Bioinformatics 20, 419.
Margelevicius, M. (2018) A low-complexity add-on score for protein remote homology search with COMER. Bioinformatics 34(12), 2037-2045.
Margelevičius M. (2016) Bayesian nonparametrics in protein remote homology search. Bioinformatics 32(18), 2744–2752.