FTDMP

FTDMP (Flexible Toolkit Dedicated to Multimeric Predictions)

FTDMP yra programinis karkasas, skirtas baltymų-baltymų, baltymų-DNR ir baltymų-RNR dokinimui ir modelių vertinimui. Jį galima naudoti biomolekulėms dokinti ir toliau vertinti modelius, arba tiesiog vertinti ir ranguoti biomolekulinių kompleksų modelius, sugeneruotus naudojant skirtingus struktūrų prognozavimo metodus.

Programinį įranga yra prieinama GitHub kartu su dokumentacija, kurioje yra diegimo ir naudojimosi instrukcijos.

FTDMP buvo testuojama naudojant baltymų-baltymų, baltymų-DNR ir baltymų-RNR dokinimo etalonus. Etaloniniai duomenų rinkiniai yra prieinami Zenodo kartu su dokinimo lentelėmis. FTDMP dokinimo rezultatai taip pat prieinami Zenodo.

Publikacijos

Jeigu naudojate FTDMP savo tyrimams, prašome cituoti mūsų straipsnius.

FTDMP programinė įranga, sutvarkyti dokinimo etalonai ir dokinimo rezultatai yra publikuoti šiame straipsnyje:

• Olechnovič K, Banciul R, Dapkūnas J, Venclovas Č. (2025) FTDMP: A Framework for Protein-Protein, Protein-DNA, and Protein-RNA Docking and Scoring. Proteins. doi: 10.1002/prot.26792. PubMed PMID: 39748638.

Baltymų sąveikų paviršių vertinimas, naudojant VoroIF-jury algoritmą, ir šio algoritmo detalus aprašymas yra publikuoti mūsų CASP16 straipsnyje:

• Olechnovič K, Valančauskas L, Dapkūnas J, Venclovas Č. (2023) Prediction of protein assemblies by structure sampling followed by interface-focused scoring. Proteins; 91:1724–1733. doi: 10.1002/prot.26569. PubMed PMID: 37578163.