Naudingi įrankiai

gmx_makecyclictop -- Perlo skriptas, skirtas sukurti ciklinių peptidų ar ciklinių nukleotidų topologijos failą, skirtą GROMACS molekulinės dinamikos simuliacijoms.

dali_sp -- Pagalbinis skriptas programai DaliLite atlikti struktūrų palyginimą ir gautus porinius palyginius apjungti į vieną sudėtinį palyginį. Atsisiuntę archyvą, išpakuokite jį komanda: tar -zxf dali_sp.tgz

modplus --  Pagalbinis skriptas programai Modeller; jis skirtas atlikti sekos-struktūros išlygiavimą ir išankstinius apdorojančius žingsnius taikinio sekai modeliuoti. Įeitinius programos duomenis sudaro taikinio ir šablonų sekų sudėtinis palyginys FASTA formate. Šablonų struktūros turėtų būti pasiekiamos parametru nurodytame kataloge. Atsisiuntę archyvą, išpakuokite jį komanda: tar -zxf modplus.tgz