PDEXK

PDEXK serveris naujoms PD-(D/E)XK superšeimos baltymų šeimoms nustatyti

PD-(D/E)XK nukleazės, pirmiausiai kaip II tipo restrikcijos fermentai, nors ir pasižymi tarpusavyje konservuotu struktūriniu aktyvaus centro motyvu, paprastai pasižymi labai žemo lygio arba išvis nepasižymi sekų panašumu. Todėl naujų superšeimos narių nustatymas, naudojant sekų analizės metodus, išlieka ne paprastu uždaviniu.

PDEXK internetinis serveris sukūrtas naujoms PD-(D/E)XK superšeimos baltymų šeimoms nustatyti naudojant klasifikavimo Atraminių Vektorių Metodą (angl. Support Vector Machines), apmokytą išvestiniais sekų profilių-profilių palyginimų duomenimis. Naudojant superšeimai specifinius ir bendruosius bruožus, AVM klasifikatorius buvo apmokytas nustatyti PD-(D/E)XK šeimos atstovus pagal sekų profilių sugretinimus.

PDEXK internetinis serveris nebepalaikomas. Programos kodas yra prieinamas.

Publikacija:

Laganeckas M., Margelevičius M., Venclovas Č. (2010) Identification of new homologs of PD-(D/E)XK nucleases by Support Vector Machines trained on data derived from profile-profile alignments. Nucleic Acids Res.