PSI-BLAST-ISS

PSI-BLAST-ISS: programinis įrankis sekų palyginio rėžių patikimumo vertinimui

Čia pateiktas mūsų laboratorijoje sukurtas paieškų, panaudojant tarpines sekas, programinis įrankis ISS (angl. Intermediate Sequence Search). ISS yra skirtas sekų palyginio, sudaryto iš dviejų ar daugiau sekų, pozicijų patikimumo įvertinimui. To dažnai prireikia įvertinant modeliuojamos sekos (taikinio) išlyginimo su žinomos erdvinės struktūros baltymo (struktūrinio šablono) seka patikimumą. Pagrindinė ISS algoritmo idėja yra tai, kad inicijuojamos papildomas PSI-BLAST paieškos, panaudojant sekas, kurios giminingos tiek taikiniui, tiek šablonui. Iš to, kaip gerai (ar blogai) tarpusavyje sutampa taikinio-šablono palyginiai, paimti iš visų šių papildomų paieškų, sprendžiama apie atskirų palyginio rėžių patikimumą.

Naujausia ISS įrankio versija nusikėlimui:

iss-v1.04.tar.gz [1.04 versija]

Ankstesnės versijos:

iss-v1.03.tar.gz [1.03 versija]

iss-v1.02.tar.gz [1.02 versija]

iss-v1.01.tar.gz [1.01 versija]

iss-v1.0.tar.gz [1.0 versija]

Norėdami instaliuoti ISS įrankį savo kompiuteryje, pirmiausiai išsaugokite bylą pasirinktame kataloge. Po to išarchyvuokite panaudoję komandą:

tar -zxvf iss-v<ver_num>.tar.gz

Užbaikite instaliaciją pagal README.install byloje esančias instrukcijas.

Publikacija:

Margelevičius M., Venclovas Č. (2005) PSI-BLAST-ISS: an intermediate sequence search tool for estimation of the position-specific alignment reliability. BMC Bioinformatics 6(1):185