Re-searcher

Re-searcher: periodinė homologų paieškos sistema baltymų sekų duomenų bazėse

"Re-searcher" yra draugiška vartotojui ir lengvai konfigūruojama sistema, automatiškai atliekanti periodines homologų paieškas numatytose baltymų sekų bazėse ir pranešanti paieškų rezultatus. Paieškos gali būti atliekamos norimu periodiškumu NCBI (JAV) arba lokaliai instaliuotose duomenų bazėse naudojant BLAST arba PSI-BLAST programas. Sistema gali vykdyti standartines paieškas individualiose duomenų bazėse, o taip pat kombinuotas, tokias kaip "PDB-BLAST", paieškas dviejose duomenų bazėse. Pastarųjų paieškų metu PSI-BLAST profilis, gautas vykdant paiešką pirmojoje duomenų bazėje, panaudojamas paieškai antrojoje duomenų bazėje. "Re-searcher" sistema palaiko daug vartotojų, kurių kiekvienas turi tik jam prieinamą sąskaitą. Joje gali būti inicijuota daug individualių paieškų, kurių rezultatai taip pat pateikiami atskirai.

"Re-searcher" sistema yra parašyta Java kalba, ištestuota Windows ir Linux operacinėse sistemose. "Re-searcher" yra atviro kodo programinė įranga platinama pagal GPL licenziją.

Norėdami instaliuoti "Re-searcher", parsisiųskite researcher-windows.zip arba researcher-linux.tar.gz archyvus atitinkamai Windows arba Linux operacinėms sistemoms. Išarchyvuokite bylas numatytame kataloge ir tęskite instaliavimą pagal instrukcijas Re-searcher aprašyme. Naujausią programos versiją taip pat galima atsisiųsti iš SourceForge.net Re-searcher projekto svetainės.

Publikacija:

Repšys V., Margelevičius M. and Venclovas Č. (2008) Re-searcher: a system for recurrent detection of homologous protein sequences. BMC Bioinformatics, 9:296.